Het verbod van het concilie op de commende had geen groots effect: in Frankrijk en Polen hadden de steeds machtiger wordende koningen alle abdijen in handen. In Midden-Europa vielen de abdijen ten prooi aan nationale en internationale oorlogen.
Maar veel erger dan commendes en oorlogen, tastte de Reformatie het kloosterleven aan. In 1517 spijkerde de augustijn Maarten Luther zijn 95 stellingen tegen het misbruik van de aflaat en tegen de macht van de paus aan de kerkdeur van Wittenberg, de stad waar hij theologisch hoogleraar was. Zijn be-
doeling was de kerk van binnenuit te vernieuwen.
Dat is niet gelukt en hij moest toen wel meegaan
met de krachten die hijzelf opgeroepen had. Naast
de zuivering, heeft de Reformatie ook negatieve
effecten gehad.
De wereld van de religieuzen werd op zijn kop ge-
zet. Monniken en monialen, broeders en zusters
verlieten abdijen en kloosters om in het kielzog
van Luther de Reformatie te gaan prediken. Godsdienstoorlogen in Frankrijk, opstanden in Duitsland en het gedrag van de adel eisten hun tol. In Duitsland sloten de protestantse vorsten alle religieuze huizen. In Engeland roofde Hendrik VIII schaamteloos honderden huizen en miljoenen aan geld. Frankrijk legde de abdijen zulke hoge belastingen op, dat ze de helft van hun goederen verloren. De gebouwen en het bijbehorende land, de bibliotheken, het geestelijke werk, alles wat de kloosterlingen bereikt hadden en belangrijk vonden had te lijden. In Nederland, vooral in het noorden, vielen veel kloosters in protestantse handen. In 1566 raasde een maand lang de beeldenstorm door Vlaanderen en Nederland, waarbij beelden, boeken en ramen het moesten ontgelden.
Toch betekende deze periode geen totale ineenstorting van de kloosterwereld. Heel wat monniken en minderbroeders zetten zich in voor de contrareformatie; predikanten en exegeten ( bijbeluit-leggers ) spanden zich in om de protestanten het hoofd te bieden; meer dan duizend kloosters en priorijen werden gespaard of hadden niet al te veel te lijden. Katholieke vorstenhuizen beschermden de kloosters die onder hun bewind vielen.